Convertido para muchos en el máximo ídolo de la historia del club, jugó los 19 años de su carrera profesional en Independiente, desde 1972 hasta 1991, ganando 8 títulos internacionales y 4 campeonatos argentinos. Bochini fue el ídolo máximo de Maradona en su juventud, y en ese entonces se dio el gusto de jugar con su «maestro» por primera vez. En 2002, tras la venta de Diego Forlán al Manchester United, se quedó con un plantel diezmado y anotó sólo 14 goles en los 19 partidos del Torneo Clausura 2002, terminando por primera vez en última posición (20.º) y comprometiéndose con el descenso. De allí en más comenzó a atravesar malas y regulares campañas en los torneos de Primera División, destacándose únicamente un subcampeonato en el Torneo Clausura 2000 y el campeonato del Torneo Apertura 2002, camiseta de la real sociedad el último campeonato de liga ganado por Independiente a día de hoy. En 1999, Independiente fue incluido por primera vez en un videojuego de fútbol, el FIFA 2000. Bajo el nombre de «Inde 72-75» fue incluido entre los «equipos clásicos», un modo de juego nuevo que trajo a la escena a los mejores equipos de la historia. En semifinales protagonizó un duelo contra Libertad de Paraguay, equipo que triunfó en la ida con un polémico gol de Óscar Cardozo que utilizó el antebrazo para bajar un centro y concretar el gol, equipacion real sociedad 2023 segundos después de apenas empezado el partido.
El polonés es sinónimo de gol, y hoy tendrá hambre tras diversos partidos sin jugar por la sanción impuesta en la competición liguera. 81′ 06. Roberto Navarro ha marcado gol en cada uno de los últimos cuatro partidos de la Real Sociedad en la Copa del Rey esta temporada, siendo además siempre el tanto que abrió el marcador. En el partido de vuelta, en el mítico estadio Maracaná de Río de Janeiro, perdió 1-0 con un tanto de Romário, el Balón de Oro de la última Copa del Mundo. Se trató de la Copa Sudamericana 2010, donde Independiente eliminó a Argentinos en primera fase, a Defensor Sporting en octavos de final, y al Deportes Tolima en cuartos a través con la regla del gol de visitante. Durante 2011 quedó eliminado muy tempranamente de la Copa Libertadores 2011 y la Copa Sudamericana 2011, y perdió las finales de la Copa Suruga Bank 2011 y la Recopa Sudamericana 2011. En el torneo local no logró escaparle al descenso, comenzando el 2012 comprometido con el mismo.
El partido que condenó a Independiente al descenso, luego de 101 años de participación consecutiva en Primera, fue una derrota por 0-1 ante San Lorenzo (gol de Ángel Correa) en la penúltima fecha en el Estadio Libertadores de América, siendo el episodio más triste en la historia del club. Una semana después del descenso, una asamblea dirigencial en la sede social del club fue brutalmente interrumpida por un ataque de sillazos al presidente Javier Cantero. El difícil River Plate de Enzo Francescoli comenzó triunfando 0-2 en Avellaneda pero el Rojo alcanzó el empate con goles de Javier Mazzoni, y luego se dio el lujo de eliminar a River en el Estadio Monumental en la definición por penales, donde relució el arquero Faryd Mondragón, que ya había tapado un penal en octavos contra Santos. En 1996, Javier Zanetti fue el primer jugador con pasado en Independiente en ser nominado al Balón de Oro. La puso con música Paulo Dybala y el balón se paseó con peligro por el área de la Real Sociedad. Le pegó de primeras al balón Kubo desde la frontal del área, pero el remate fue flojo y el belga cogió la pelota sin dificultades. Takefusa Kubo (Real Sociedad) ha recibido una falta en la zona defensiva.
Quedó a sólo dos puntos de la zona de promoción (repechaje). En la edición de 2022, superó la línea de 130 puntos de la Liga de Quito y desde entonces Independiente lidera la tabla histórica de la Copa Sudamericana. Los equipos empataron sin goles, Independiente se fue insultado por su gente y, empatado en puntos con Huracán, debió disputar un partido desempate por el último ascenso. A partir de allí el Rojo entró en una senda de victorias y terminó el primer semestre en puestos de ascenso. Fue con goles importantes de Sebastián Penco que Independiente alcanzó el cuarto lugar para la última fecha, dónde debía ganarle a Patronato siendo local para lograr el ascenso directo. Un gol de Lucas Pusineri contra Boca casi sobre la hora, en la penúltima fecha, fue el más decisivo de todos para terminar consagrarse en la última fecha con goleada 3-0 sobre San Lorenzo en el estadio Nuevo Gasómetro, donde el Rojo levantó el trofeo. El Rojo aprovechó la gira y jugó amistosos con el Urawa Red Diamonds y el Sanfrecce Hiroshima. El Rojo entró a la Copa Libertadores 1987 ganando la Liguilla Pre-Libertadores, luego de superar en la final a Boca en La Bombonera por 2-1, con un gol en propia puerta y otro de Bochini.