Fue nombrado presidente del club Juan Carlos Ollero y se escoge como entrenador de forma transitoria a Juan Merino. El nuevo entrenador, designado ese mismo día, fue Juan Carlos Garrido. Un día después, el vicepresidente de la entidad anunció junto a Juan Varela (presidente del Fútbol Sala Nazareno) y Javier Lozano Cid (presidente de la LNFS) la integración del, hasta ese momento, Real Betis FSN en la estructura verdiblanca con el nombre de Real Betis FutSal tras tres años de patrocinio. Pero, sin duda, 2005 fue uno de los años más brillantes del Betis, el club finalizó en una muy notable cuarta posición, clasificándose para jugar la previa de Liga de Campeones, y ganó la Copa del Rey de fútbol 2004-05 en el Vicente Calderón. Disputó la fase de grupos de esta competición, encuadrado en el grupo del entonces campeón, el Liverpool FC, y el campeón de la Liga Inglesa, el Chelsea FC. La participación en la Copa del Rey no fue buena, camiseta real sociedad volviendo a ser eliminados en dieciseisavos de Final frente al Cádiz CF de Segunda División. En la Copa del Rey de fútbol 2010-11, llegó a cuartos de final, perdiendo con gran igualdad frente al FC Barcelona. La Real Sociedad de Fútbol «C» es el segundo equipo filial del club.
En 1997 el equipo traspasó a Roberto Ríos al Athletic Club por 2000 millones de pesetas (12 millones de €), una cifra récord para la época. El ascenso en Burgos de 1994, tras 3 años en Segunda, fue muy festejado por el beticismo y le sucedió una carrera ascendente: en la primera temporada tras el ascenso, el Betis fue el equipo revelación y finalizó en tercera posición de la tabla; en la temporada 1996-97 repite entre los cuatro primeros y llega a la final de la Copa del Rey, cayendo ante el FC Barcelona en un partido resuelto en la prórroga. Tras el empate en casa 1-1 contra el Real Valladolid, el 31 de mayo de 2009, en la última jornada de la temporada 2008-09, el equipo, tras ocho años consecutivos en Primera División, descendió, ante su público, por undécima vez a Segunda División. El Plan de Saneamiento obligó al Real Betis Balompié -en esos momentos club de Segunda División, categoría en la que permaneció al perder la eliminatoria de promoción ante el Deportivo- a cubrir un capital social de casi 1200 millones de pesetas, el doble del importe exigido a casi todos los clubes de Primera y Segunda. Para la nueva etapa en Segunda División, Lopera ficha como técnico a Antonio Tapia, que había entrenado al Málaga CF.
Antonio González Cordón detenido en el año 1999 y que aumentó la capacidad del estadio en 9700 espectadores. Una vez más, tónica constante de la existencia verdiblanca, a un año de euforia le sucede otro de desasosiego, en la temporada 2005-06, el equipo rozó el descenso y se vivió una división absoluta entre presidente y entrenador y una crisis institucional desconocida desde finales de los 80. En la campaña 2006-07 el Real Betis hizo una pobre temporada, salvándose del descenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Racing de Santander en El Sardinero, con dos goles de Edu. Desde entonces y hasta 1992, el Betis atravesó un período de crisis económica y deportiva, en el que vivió nuevamente como “equipo ascensor” hasta el descenso de 1991, sin duda en uno de los peores momentos para afrontar la preceptiva conversión en Sociedad Anónima Deportiva. A lo largo del año 2002 el Club celebró su centenario (1902-2002) con una serie de celebraciones que empezaron el 1 de enero del año 2002 y terminaron el 1 de enero del año siguiente. Justo al año siguiente, siendo fiel una vez más a su particular sino, el club sufrió la marcha de Benito Villamarín tras 10 años, la muerte de Andrés Aranda y el descenso a Segunda División.
En 1992, el año de la Exposición Universal de Sevilla, y tras la conversión en S. A. D, entra como accionista mayoritario Manuel Ruiz de Lopera y Ávalos. Luego ante Portugal, el 28 de junio, Chile empató sin goles hasta la prórroga y posteriormente la tanda de penaltis, donde Bravo contendría los penales de los portugueses Ricardo Quaresma, João Moutinho y de Nani, clasificándose a la final con Bravo como mejor jugador de aquel partido. El 30 de junio, el vicepresidente económico Manuel Ruiz de Lopera presentó avales por esa cuantía, y se hizo con el control mayoritario de la S. A. D., eludiendo el descenso a Segunda B y entrando en el Plan de Saneamiento. Algunos representantes de la afición bética se presentaron en las inmediaciones de la casa del máximo accionista verdiblanco Manuel Ruiz de Lopera para expresar su rechazo. El 23 de noviembre, se celebró la Junta General de Accionistas en la cual se hizo realidad uno de los puntos primordiales del programa de la candidatura de Ángel Haro, Ahora Betis Ahora, aprobándose una ampliación de capital en 36 869 nuevas acciones (para restituir el capital social cuyos derechos se encontraban suspendidos por el Juzgado de lo Mercantil de Sevilla) para su posterior venta entre accionistas y abonados a un precio de 120 €, y la adquisición de 23 056 acciones a Manuel Ruiz de Lopera y Luis Oliver Albesa para la venta a accionistas en paquetes de 210 títulos a un precio de 476,69 € cada una.