Con Eladio Pérez, como presidente, y el alcalde Manuel Montesinos Gómiz, como vicepresidente, el Hércules se posicionó en la novena posición al finalizar la temporada 40-41. El colofón de la temporada fue la inclusión del arquero José Pérez García en la selección española para el partido Portugal-España, siendo el primer jugador internacional que poseyó el Hércules. En esta temporada 42-43 el Hércules mantiene la permanencia en Segunda tras empatar en Altabix, el campo de su eterno rival, el Elche Club de Fútbol.